La Hermandad de los Mutilados fue fundada el 26 de marzo de 1943 por caballeros mutilados y excombatientes de la Guerra Civil Española, pertenecientes al bando sublevado. Estableció su sede canónica en la antigua iglesia de San Francisco, donde compartió espacio con la Hermandad de la Esperanza de Huelva.

Ese mismo año se adquiere una primera imagen dolorosa, obra del artista cartayero Federico López Pereira. Fue bendecida el 15 de abril de 1943 bajo la advocación de Nuestra Señora de la Paz, y ese mismo año se acordó por primera vez realizar Estación de Penitencia. El 9 de mayo de 1943 se conformó la primera Junta Oficial, siendo Joaquín de la Torre el primer Hermano Mayor.

Ese mismo año se encargó al escultor ayamontino Antonio León Ortega una nueva imagen de la Virgen, que procesionó por primera vez en 1944. Un año más tarde, en 1945, se bendice la imagen del Cristo, también obra de León Ortega, que completa su misterio entre 1952 y 1954 con la incorporación de tres sayones que acompañan a la imagen en el Monte Calvario.

Ambas imágenes recibieron las advocaciones de la Paz y la Victoria, respectivamente, en clara alusión política al triunfo del bando franquista, de cuyas filas provenían los fundadores.

Durante la década de 1940, la Hermandad incrementó notablemente su patrimonio. Se encargó el paso del Cristo de la Victoria a Miguel Llácer y se adquirieron numerosos enseres, destacando especialmente los respiraderos del paso de palio, obra de Eduardo Seco Imberg, restaurados en 1990 por Antonio Santos.

Crónicas de la época, como las del diario Odiel de 1947, documentan las primeras salidas procesionales. La cofradía, conocida popularmente como «la de los Caballeros Mutilados», salía desde San Francisco a las diez de la noche, encabezada por la banda de la Cruz Roja, seguida de una larga fila de nazarenos. El Cristo de la Victoria vestía una túnica de tisú de oro y se adornaba con claveles rojos, mientras que la Virgen era acompañada por un cortejo con bandera concepcionista, monaguillos con canastillas celestes, incensarios, y el banderín del Cuerpo de Mutilados. El palio lucía varales nuevos, así como manto, palio y caídas de raso blanco bordado en oro.

En 1949 se incluye como cotitular a San Rafael Arcángel, patrón del cuerpo de mutilados y excombatientes.

En 1956, Nuestra Señora de la Paz participó en la Magna Mariana celebrada en Huelva. En 1959, la Cofradía realiza su última estación de penitencia desde San Francisco, trasladándose en 1960 a la parroquia de San Sebastián.

A partir de 1975, con la caída del Régimen y el inicio de la Transición democrática, la Hermandad afronta un cambio de rumbo, acentuado por el derrumbe de su Casa Hermandad en 1980. En los años 90, comienza un período de renovación artística con la realización de la nueva peana, obra del taller sevillano de los Hermanos Delgado, junto a nuevos candelabros de entrevarales, jarras delanteras y la restauración de los respiraderos.

Una de las grandes transformaciones de esta etapa fue la restauración de la Virgen de la Paz por el imaginero sevillano Luis Álvarez Duarte, marcando un antes y un después en la vida de la corporación.

En los años siguientes, se proyecta un nuevo conjunto de bordados para el paso de palio, ejecutado por el bordador onubense Rafael Infante. Se realizaron la saya en tisú de plata en los años 90, y en los 2000 se comenzaron a estrenar nuevas piezas como la toca de sobremanto y las bambalinas. También se encargó una nueva corona en plata de ley, obra nuevamente de los Hermanos Delgado, y se completó la candelería del paso de palio, ejecutada por Hijos de Juan Fernández.

En 2011, la Hermandad adquiere carácter sacramental, encargando un nuevo estandarte realizado por Rafael Infante, con pinturas de Juan Luis Aquino, y se convierte en pionera al organizar la única procesión de Impedidos de la capital onubense.

En 2018 se conmemora el 75º aniversario fundacional, culminando los actos el 29 de septiembre —festividad de San Rafael Arcángel— con una salida extraordinaria de Nuestra Señora de la Paz, en un itinerario especial que incluyó un emotivo reencuentro con la Hermandad de la Esperanza.

En 2022, la Hermandad estrena al completo el nuevo juego de varales, obra también de los Hermanos Delgado. De esta obra destacan los ángeles en la base, dos de los cuales portan una mascarilla como recuerdo de la pandemia, y otro una flor en homenaje al florista de la Hermandad, Luis Morillo, fallecido años atrás.

En la actualidad, la Hermandad continúa con grandes proyectos, entre ellos la restauración de sus imágenes llevada a cabo por Pedro Manzano, el cambio de hábito nazareno y nuevas incorporaciones para seguir engrandeciendo el patrimonio de esta clásica cofradía onubense.